В 2005 году году Хонда подписал с «Нагоя Грампус» полноценный профессиональный контракт, а в следующем году стал твердым игроком основы. Результатом стал вызов в национальную сборную Японии, однако на поле в составе сборной не по явился. В 2007 году в качестве лидера молодежной сборной Японии помог команде добыть путевку в основной турнир пекинской Олимпиады.
В 2008 году Хонда выразил желание сделать следующий шаг в карьере, а именно продолжить карьеру в Европе. Результатом стал переход в команду-дебютант Высшего дивизиона Нидерландов — «ВВВ-Венло». Хонда сразу закрепился в команде, однако не смог помочь «Венло» избежать вылета в Первый дивизион по итогам сезона 2007/2008. В июне 2008 года игрок дебютировал в сборной Японии. В том же году выступил в основном турнире Пекинской олимпиады, где Япония проиграла все три матча в группе, а Хонда сфолил и заработал решающий пенальти в заключительной игре с Нидерландами. В июле 2008 года Кэйсукэ объявил о помолвке с девушкой, медсестрой по профессии.
В сезоне 2008/2009 игрок остался в «Венло» и стал лидером к оманды, которая с первых туров заняла первую строчку в таблице. Проведя 36 матчей на позиции под нападающими, Хонда забил 16 голов и сделал 13 передач, заслужив титул лучшего игрока Первого дивизиона в сезоне. «Венло» за несколько туров обеспечил себе выход в Высший дивизион, а Хонда обратил на себя внимание голландских грандов, таких как «Аякс» и ПСВ, но высокая трансферная стоимость игрока в 10 миллионов евро, выставленная президентом «Венло», отпугнула потенциальных покупателей и Кэйсукэ остался в команде. В мае 2009 года в товарищеской игре со сборной Чили он забил первый мяч за сборную.
Сезон 2009/10 Хонда начал так же резво, забив 5 мячей в 4 матчах. Начали поступать сообщения об интересе к игроку сильнейших команд Европы, таких как «Челси», «Ливерпуль», «Фиорентина», «Лион». В декабре 2009 года было объявлено о переходе Хонды в российский ЦСКА за 6 миллионов евро. Японец открыл счёт забитым голам за новый клуб в 1-ом же туре чемпионата России. Благодаря забитому Хондой голу в матче с «Севильей», ЦСКА впервые в своей истории вышел в 1/4 финала Лиги чемпионов (этот гол стал для японца первым в турнире).
Достижения
Командные
Победитель Первого дивизиона Нидерландов: 2008/09.
Личные
Лучший игрок Первого дивизиона Нидерландов: 2008/09
Интересные факты
Кузеном Кэйсукэ является известный японский рестлер Тамон Хонда.
Левша, однако свой первый гол на высшем уровне забил именно правой ногой.
Любит носить часы на обеих руках одновременно.
В еврокубках 2009—2010 выступает за ЦСКА под номером 18, в РФПЛ под номером 7.
Первый японский футболист в российской Премьер-лиге.
Встречаются варианты написания имени Кейсуки Хонда, Кайсуке Хонда.