В 1991 впервые получил возможность сформировать правительство, но потерпел неудачу, после чего временно ушел с политической сцены.
В 1997 возглавил партию Фламандские либералы и демократы (VLD), сменив взгляды на более центристские. В 1999, выиграв выборы во Фландрии и, войдя в коалицию с фламандскими и валлонскими социалистами и зелеными, стал главой правительства.
После парламентских выборов 2003 сформировал новое правительство, без участия зеленых. Второй премьерский срок характеризуется частыми кризисами, и выборы 2007 должны стать серьезным испытанием для Верхофстадта.