На выборах 1935 СДП завоевала 44 мандата или 60 % мест от немецкоязычного населения Чехословакии. 28 марта 1938 Гитлер заверил Генлейна: "Я поддержу вас. Завтра вы станете моим наместником (Sie sind auch morgen mein Statthalter)". Через месяц Генлейн выдвинул 8 т. н. "карлсбадских требований", фактически требуя полной автономии для судетских немцев. В мае он отправился в Лондон, где клятвенно заверял, что никогда не получал приказов или даже рекомендаций из Берлина. После Мюнхенского соглашения 1938 Генлейн был назначен рейхскомиссаром Судетской области. 1 мая 1939 он стал гауляйтером и рейхсштатхальтером и возглавил гражданскую администрацию в Чехословакии.
В мае 1945 был взят в плен американской 7-й армией и покончил с собой в лагере для перемещенных лиц 10 мая 1945.