В детстве Джонатан занимался балетом и даже танцевал в профессиональной постановке «Щелкунчика» в Бостонском балетном театре, где его заметил актерский агент и предложил ему контракт. С 11 лет Джонатан начал сниматься в рекламе и ходить на прослушивания и пробы. Ему было 12 лет, когда он получил первую роль в спагетти-вестерне «Любители неприятностей» (Botte di Natale, 1994).
Окончил школу Park School, в Бостоне, Массачусетс.
В течение пяти лет Джонатан Такер был участником знаменитой балетной труппы «Boston Ballet» и танцевал партию Фрица в балете (балет) «Щелкунчик», когда учился в третьем классе, а также его фотография есть в календаре этой известной балетной труппы.
Джонатан посещал школу Thacher School в городе Оджай, Калифорния. Учился в Колумбийском Университете в США.
С 2008 года Такер встречался с актрисой Оливией Уайлд.