Джонс был похоронен на глубине 12 футов (для предотвращения вандализма), и, как сообщается, его гроб был богато украшен серебром и бронзой. Гроб был подарен другом музыканта Бобом Диланом.
В семье помимо Брайана было две дочери: Памела (3 октября 1943 — 14 октября 1945), которая умерла от лейкемии, и Барбара, родившаяся в 1946 году
Джонс на протяжении всей жизни страдал астмой.
Весной 1959 от семнадцатилетнего Джонса забеременела его шестнадцатилетняя подружка Валери, позже вышедшая замуж за одного из друзей музыканта. Девушка была на четыре месяца моложе, она прервала с ним все контакты и родила сына, названного Саймоном, усыновленного позже бездетной семьёй. Брайан с позором был выгнан из школы и дома и летом того же года отправился в путешествие по Северной Европе, в том числе по странам Скандинавии. Позже он вспоминал о том, как беззаботно проводил это время, ни к чему не привязываясь и зарабатывая деньги на улице игрой на гитаре. Саймон никогда не видел отца.
Его второй незаконнорожденный ребенок, названный Джулиан Марк Эндрюс, родился от Пэт Эндрюс в октябре 1961 года. В день рождения сына Джонс продал свою коллекцию пластинок и на вырученные деньги купил цветы для Пэт и одежду новорожденному.
23 июля 1964 года Джонс стал отцом в третий раз, и опять вне брака: матерью стала его очередная подружка Линда Лоуренс. Джонс назвал сына Джулиан Брайан Лоуренс. По словам Джонса, он называл обоих сыновей Джулианами в честь джазового саксофониста Джулиана Эддерли.
Около полуночи 3 июля 1969 года Брайан Джонс был обнаружен на дне бассейна в своем поместье в Хартфилде.
Список фильмов, в которых участвовал(а) Брайан Джонс