Она начинает постепенно актерскую карьеру: в 1998 году снялась в фильме "Зимние каникулы" (La Classe de neige) Клода Миллера, далее - "Это начинается сегодня" (Ca commence aujourd'hui) (1999) Бертрана Тавернье и "Одна за всех" (Une pour toutes) (2000) Клода Лелюша. Снимается в главной роли в своем дебютном фильме "Клеман" (Clément) (2003), о тридцатилетней женщине, трепетно влюбленной в 13-летнего мальчика. История, рассказанная в фильме, очень откровенна в эмоциональном плане, но невинна в контексте плотских утех главной героини, фильм был представлен в Каннах в 2001 году в секции "Определенный взгляд" (Un Certain Regard). В 2005 году она представляет свой второй фильм "Задний план" (Backstage) на кинофестивале в Венеции, в котором она продолжает изучать неблагополучных подростков, прошедших через сложные отношения. В 2009 году она работала c Canal Plus "Мои дорогие уроки" (Mes chères études), который рассказывает о студентах, вынужденных заниматься проституцией, чтобы прокормить себя.
В 2011 году Эмманюэль Берко снялась в роли Сью Эллен в "Полисс" (Polisse) и работала в одном из сегментов в фильме-пародии "Право на «лево»" (Les Infidèles) о мужской неверности и ее вариациях.