Во время обучения на четвёртом курсе ГИТИСа на курсе у О. Я. Ремеза Маргарите Шубиной поступило предложение от А. А. Гончарова сыграть в Театре им. Маяковского. Благодаря её великолепной актёрской игре после окончания Маргаритой Шубиной РАТИ в 1987 году к ней поступили приглашения почти от всех театров столицы, но актриса предпочла другим Театр имени Моссовета, в котором служит и сейчас.
Считается, что дебютной картиной Маргариты Шубиной был фильм Вадима Зобина «Воскресенье, половина седьмого», снятый в 1988 году. Однако на самом деле актриса дебютировала в кино в 1984 году, снявшись в картине Михаила Туманишвили «Полоса препятствий». С тех пор она снялась в нескольких незаметных ролях в кино. Большую известность Маргарите Шубиной подарила роль фельдшера Орловой в телесериале «Неотложка» режиссёров Анатолия Артамонова и Геннадия Каюмова. С тех пор Маргарита Шубина стала активно сниматься в кино. Сейчас на её счету около 40 ролей, а ещё на данный момент снимается картина «Люди жили и не знали» — дебют Маргариты Шубиной в качестве режиссёра. Очень часто она играет несчастных в личной жизни женщин — капитан Махова в телесериале «МУР есть МУР», Раечка в телесериале «Эшелон», Тоня в фильме «Нежный барс», Любка в телесериале «Сваты 3» .
24 апреля 2009 года указом Президента России Маргарите Шубиной присвоено звание Заслуженной артистки России.
Муж актрисы — её бывший однокурсник Владислав, в прошлом актёр театра, а ныне бизнесмен. У супругов двое сыновей — Максим и Серафим. Крёстным отцом Максима был Андрей Ильин, а крёстными родителями Серафима — Александр Самойленко и Влада Садовская.