С сентября 1939 года — начальник 2-го отдела Управления погранвойск НКВД. С июля 1941 года — начальник отделения Особой группы, с сентября — 2-го отдела НКВД СССР. С 1942 года — начальник 3-го отдела 4-го управления НКВД. Руководил работой разведывательно-диверсионных групп, действовавших на территории оккупированной Белоруссии. Принимал участие в дезинформационных операциях «Монастырь» и «Березино». Полковник госбезопасности (1943). С 1947 года — в отставке.
В 1947—1951 годах — председатель объединения «Экспортфильм», директор Госфильмофонда СССР. С 6 ноября 1951 года по 16 ноября 1953 го да был в заключении по обвинению в сионистском заговоре, освобождён.
В кино с 1947 года. Член СП СССР. В 1956 году окончил Высшие литературные курсы имени М. Горького в Москве.
М. Б. Маклярский — также автор произведений о разведчиках и чекистах. Первая пьеса (под псевдонимом К. Михайлов) — «Подвиг остаётся неизвестным» — поставлена в 1948 году в Московском камерном театре. За ней следовали пьесы «Опасный перекрёсток» (1949, с А. В. Спешневым), «Несчастный случай» (1955, с Д. М. Холендро), «Ночной патруль» (1957, с Л. Р. Шейниным), «Пока не поздно» (1959, с Д. М. Холендро), «Высшая мера» (1968, с К. И. Рапопортом), повести «В приморском городе» (1950), «Часы чемпиона» (1959, с Д. М. Холендро) и другие.
Сценарист (соавтор) многих фильмов детективно-приключенческого жанра. В 1960—1972 гг. организатор и первый директор Высших курсов сценаристов и режиссёров в Москве. В 1978 году, частично основываясь на собственном опыте во внешней разведке, написал сценарий (совместно с И. М. Фрейлихманом и по роману последнего) к кинокартине «Агент секретной службы».
М. Б. Маклярский умер 2 июня 1978 года