Во время службы на Imperieuse Фредерик пережил битву близ Жиронды, спасение курсанта, свалившегося за борт, захваты многих судов возле Средиземноморского побережья Испании и захват замка Монгат. Когда фрегат следовал на очередное задание по реке Шельда, в 1809, Марриет подхватил малярию и вернулся в Англию на судне HMS Victorious.
После выздоровления Марриет вернулся в Средиземное море на судне HMS Centaur и снова спас товарища, бросившись за ним в море. Позднее он приплыл уже пассажиром на Бермуды на судне HMS Atlas и оттуда в Галифакс на шхуне Chubb с целью присоединиться к команде фрегата HMS Aeolus (27 апреля, 1811).
Несколькими месяцами позже Фредерик Марриет снова отличился, когда слаженно руководил усилиями по срубанию грот-реи фрегата чтобы спасти судно во время шторма и к тому же опять спас человека за бортом. Вскоре после этого он перешел на фрегат HMS Spartan, принимая участие в захвате нескольких американских судов (что явилось предлогом для Англо-американской войны 1812—1814), и 26 декабря 1812 был произведен в лейтенанты.
Лейтенантом Марриет служил на шлюпах Espiegle и Newcastle, и был произведён в чин капитана 3-го ранга 13 июня 1815, как раз ко времени окончания войны. В дальнейшем он отдал себя занятию наукой, изобретёл спасательную шлюпку (тем самым заслуживая золотую медаль от Королевского общества спасения на водах и прозвище «Lifeboat», то есть спасательная шлюпка), и в 1819 женился на Катерине Шарп, дочери бывшего посла в России сэра Стивена Шарпа, которая родила ему четырёх сыновей и семь дочерей.
В 1820 г. капитан сторожевого корабля Beaver, а также временно командует судном Rosario для возвращения в Англию с донесением о смерти Наполеона I на острове Святой Елены. Губернатор острова генерал Гудсон Ло позволил Марриету сделать эскиз тела Наполеона на смертном одре, который будет в последствии опубликован как литография (Художественные способности Фредерика были весьма средние, но его зарисовки корабельной жизни над и под палубой отличались изрядным шармом, который перекрывал их незрелость)
В 1823 году он был назначен на HMS Larne, на котором принял участие в походе против Бирмы в 1824. Во время этой экспедиции, которая закончилась большими людскими потерями из-за болезней, ему было доверено командование HMS Tees (28 орудий), что дало ему звание капитана первого ранга.
Он вернулся на родину в Англию в 1826. Но в 1829 возглавил фрегат HMS Ariadne с миссией по поиску мелей и скрытых подводных опасностей вокруг о-ва Мадейра и Канарских островов. Это было довольно скучным занятием и между этим делом и недавней публикацией своего романа он, морской офицер, решает уйти в отставку в ноябре 1830 и посвятить себя литературе полностью.
Работы автора стали появляться регулярно, наибольший успех принес ему «Мичман Изи» (1836). Он прожил год в Брюсселе, путешествовал по Канаде и США, затем обосновался в Лондоне в 1839, где общался в литературном кругу Чарльза Диккенса и др. Марриет был в Северной Америке в 1837, когда вспыхнуло восстание в Нижней Канаде (ныне южная часть провинции Квебек) и в составе британских войск участвовал в его подавлении.
Он был назван Членом Королевского общества в честь признания его изобретения и других достижений. В 1843 переехал на маленькую ферму в Ленгем Манор в Норфолке, где и умер в 1848. Его дочь Флоренс Марриет позже стала известной писательницей и актрисой.
Действие большинства произведений, описывающих морские баталии и приключения на море, разворачивается в период наполеоновских войн: «Морской офицер, или Сцены из жизни Фрэнка Милдмея» (1829), «Питер Симпл» (1834), «Мичман Изи» (1836) и другие. В романах «Яков Верный» (1834) и «Снарлейгоу, или Собака-дьявол» (1837) проявился его талант юмориста-бытописателя. После поездки в США опубликовал «Американский дневник» (1839), выражающий мнение автора о политической системе страны.
Романы Марриета являются характеристикой того времени, в них вопросы семейных отношений и социального статуса зачастую затмевают морские битвы, но его книги интересны прежде всего как художественное воспроизведение 25-летнего реального жизненного опыта, который автор получил в море. Эти произведения, которыми много восхищались Джозеф Конрад и Эрнест Хемингуэй, были среди первых морских романов. Они послужили прототипами для будущих работ С. С. Форестера и Патрика О’Браена, действия в которых происходят во времена адмирала Нельсона и повествуется о молодых людях, восходящих с самого низа до морских офицеров.
Его последние романы были в основном для детей, включая его самую знаменитую книгу для юношества «Дети Нового Леса» (1847)