После того как в 1934 году актриса покинула студию, её роли на большом экране стали менее частыми. Последней заметной картиной с участием Морли стала очередная экранизация романа Джейн Остин «Гордость и предубеждение» в 1940 году. Её карьера окончательно рухнула в конце 1940-х, когда актриса была вызвана на допрос в Комиссию по расследованию антиамериканской деятельности, отказавшись при этом давать какие-либо комментарии о своей причастности к Коммунистической партии США, и угодив после этого в Чёрный список Голливуда. В дальнейшем Карен Морли вернулась к своей актёрской карьере лишь в середине 1970-х годов, сыграв несколько небольших ролей на телевидении.
В 1999 году она дала интервью, а также приняла участие в фотосессии для журнала «Vanity Fair», посвященному здравствующим на тот момент звёздам из голливудского чёрного списка.
Актриса дважды была замужем. От первого супруга, режиссёра Чарльза Видора, брак с которым продлился с 1932 по 1943 год, она родила сына Майкла. Сразу же после развода она вышла замуж за актёра Ллойда Гофа, с которым прожила вместе до его смерти в 1984 году.
Поздние годы своей жизни Карен Морли провела в Санта-Монике, штат Калифорния. Актриса скончалась в марте 2003 года от пневмонии в возрасте 93 лет.