Кирилл Набутов о своей семье: «Безусловно, отец был главой семьи, но патриархизма не было. Во-первых, потому, что отец редко бывал дома. Я мало пообщался с отцом. Его не стало, когда мне не было шестнадцати лет. К тому же и отец, и мать — очень сильные личности. Там не было вариантов «девочка-дурочка при сильном мужике» или «муж-подкаблучник». Когда они поженились, отцу было уже за 30. Мать была значительно моложе. Отец прошел войну, испытание славой, был под судом».
В 1979 году Кирилл Набутов окончил факультет журналистики Ленинградского государственного университета им. А. А. Жданова, после чего начал работать спортивным комментатором на Ленинградском телевидении. Ему довелось комментировать Олимпийские игры в Москве, Сеуле, Барселоне, Сараево и Лиллехаммере.
В 1988 году Кирилл Набутов стал одним из ведущих субботней вечерней программы «Телекурьер», выходившей на Ленинградском телевидении (позже – Пятый канал). Эта информационно-познавательная передача пользовалась большой популярность: ее небанальные, а иногда и курьезные сюжеты из жизни города пришлись телезрителям по вкусу. Коллегами Кирилла Набутова в эфире в разное время были Светлана Сорокина, Наталья Антонова и другие.
В 1991 году он создал собственную авторскую программу под названием «Адамово яблоко». Эта передача, ставшая первым в стране мужским телевизионным журналом, сначала выходила на Ленинградском телевидении, а с 1993 появилась на всероссийском канале РТР.
В 1997 в эфире появилась еще одна авторская программа Кирилла Набутова «Ноу смокинг». Позже он работал на канале ТВ-6, где был ведущим первого в России реалити-шоу «За стеклом». В 2003-2004 годах Кирилл Набутов был главным продюсером телеканала НТВ.
Член Академии Российского телевидения с 2001 года.
С 22 марта 2009 года комментирует матчи с участием футбольного клуба «Зенит» на телеканале «100 ТВ» (Санкт-Петербург). С 7 марта 2010 года — один из ведущих нового шоу на Первом канале под названием «Жестокие игры».
Комментировал открытие Зимних Олимпийских игр 2010 года, а также два сезона передачи «Король ринга» в 2007—2008 годах на Первом канале в паре с Владимиром Познером.
Комментировал открытие Летних Олимпийских игр 2012 года в паре с Владимиром Гомельским.
Комментировал открытие Зимних Олимпийских игр 2014 года на Первом канале в паре с Анатолием Максимовым и закрытие игр в паре с Владимиром Гомельским.
С 18 марта по 31 мая 2013 года — ведущий передачи о заключённых «Пока ещё не поздно!» на Первом канале. В том же году он комментировал шоу «Вышка».
Автор документального фильма «Зараза», который посвящён распространению эпидемии лихорадки Эбола в августе 2014 года.
Вёл десятый сезон спортивного шоу «Большие гонки».
У Кирилла Набутова двое сыновей – Виктор и Пётр. Виктор Набутов также стал теле- и радиоведущим, спортивным комментатором. Он вел программы «Сегоднячко-Питер», «Времечко» на «ТВ Центр», «Утро Командира» и «ЦСКАйф» на канале «Звезда». С 2006 года Виктор Набутов работает на радиостанции «Сити-FM», а также является генеральным продюсером радиостанции «Зенит».