Хуан Диего Ботто начал сниматься в кино в возрасте 5 лет и сыграл свою первую роль в испанской комедии 'Martes y trece, ni te cases ni te embarques' (1982). Он изучал актерское мастерство в театральной школе своей матери - Centro de Nuevos Creadores, из стен которой вышли многие знаменитые актеры Испании. На сегодняшний день у него за плечами в общей сложности 5 десятков ролей, и он считается очень опытным и известным в Испании актером. Его роль в драме 'Sobreviviré' ('Я выживу', 1999) принесла Ботто не только национальное признание, но и представила его зрителям и критикам на международном уровне, поскольку фильм был переведен на множество языков и с успехом шел во многих странах мира. Этот фильм рассказывал о женщине, без памяти влюбившейся в мужчину, который на самом деле был гомосексуалистом.
Карьера Ботто привела его не только на большой экран. Актер сыграл несколько главных ролей в театральных пьесах, тепло принятых критиками в Испании. Он также пробовал себя в роли режиссера театральной постановки 'Privilegio de ser perro' ('Честь быть собакой' ), пьесы о трудной жизни иммигрантов, которые пытаются попасть в страну своих мечтаний, и о том, что ждет их после этого.
В настоящее время Хуан Диего Ботто живет в Мадриде с женой - актрисой Аной Райо. Он активно занимается политикой, в 2003 году Ботто несколько раз устраивал протесты против войны в Ираке со своими единомышленниками и принимает участие в группе поддержки для таких же, как он, детей, чьи родители пропали.