Первый роман Варгаса Льосы Город и псы (La ciudad y los perros, 1963) произвел в Лиме скандал, повлекший публичное сожжение книги. Изображенные в «правдивой истории» военного училища Леонсио Прадо дикие нравы заклеймили позором всю перуанскую военщину. В романе Зеленый дом (La casa verde, 1968) центральные темы насилия и отчуждения развиваются одновременно в пяти пересекающихся сюжетах. Писатель использует изощренную технику монтажа – с мгновенными переключениями времени и места действия и множественными точками зрения. Рассказ Щенки (Los cachorros, 1967) описывает историю кастрированного юноши в «мачистском» (от исп. macho – самец, настоящий мужчина) окружении. Роман Разговор в Соборе (Conversacin en La Catedral, 1969) вскрывает коррумпированность перуанского общества в период диктатуры М. Одрии (1948–1956). В романе Капитан Панталеон и Рота добрых услуг (Pantalen y las visitadoras, 1973) в фарсово-сатирическом ключе изображено стремление солдафонов регламентировать все, даже сексуальную жизнь подчиненных. В детективной повести Кто убил Паломино Молеро? (Quien mat a Palomino Molero, 1986) история убийства молодого певца становится поводом для исследования зыбких границ истины и справедливости. Варгас Льоса опубликовал также романы Тетушка Хулия и писака (La ta Julia y el escribidor, 1977), Война конца света (La guerra del fin del mundo, 1981), История Майты (La historia de Mait, 1984) и исследование о творчестве Флобера (1975).