После закрытия сериала Круз некоторое время продолжал сниматься – преимущественно в 'гостевых' ролях; помимо прочего, ему довелось сыграть в сериалах 'Кунг Фу' ('Kung Fu'), 'Gunsmoke' и 'Невероятный Халк' ('The Incredible Hulk').
В 80-х Круз переключился с актерской деятельности на музыкальную; выступал он в составе хардкор-панк-группы 'Dr. Know'. Группа успела выпустить несколько записей, однако в 2010-м распалась. В период с 2001-го по 2003-й Брэндон занимал пост ведущего вокалиста 'Dead Kennedys'. Позже у музыканта даже брали интервью для документального фильма 'Американский хардкор: История американского панк-рока 1980 – 1986' ('American Hardcore: The History of American Punk Rock, 1980-1986'). Брэндон признавался, что музыка (и серфинг) в какой-то степени спасли ему жизнь – история мирового кинематографа знает немало весьма печальных историй 'звездных детей'.
В 1991-м Круз получил премию фонда 'Young Artist Foundation' в категории 'Прижизненные достижения бывшего ребенка-звезды' (Former Child Star 'Lifetime Achievement' Award); принесла ему эту премию всё та же роль Эдди. К тому времени Эдди успел вернуться на телевидение – он работал в качестве помощника редактора на ряде телевизионных шоу, вроде популярного мультсериала 'Южный Парк' ('South Park').
В 90-х Круз активно работал в проекте 'A Minor Consideration' – группе психологической поддержки для бывших и настоящих звездных детей.
В июне 1994-го Брэндон женился на актрисе Лиз Круз (Liz Cruz); позже у них родились сын и дочь.