Убежденные в том, что «документальной основой романа должна быть сама жизнь», Гонкуры брали сюжеты и характеры из своего окружения. Так, в книге Шарль Демайи (Charles Demai lly, 1860) они вывели знакомую супружескую чету; в Сестре Филомене (Soeur Philomne, 1861) описывается история, произошедшая в больнице Руана и ставшая известной им в пересказе одного из друзей; героиня романа Рене Мопрен (Rene Mauperin, 1864) была подругой их детских игр; в Жермини Ласерте (Germinie Lacerteux, 1864), первом великом французском романе из жизни низшего класса, предвещавшем появление пролетарских книг Золя, говорится о распутной жизни, которую некогда вела экономка Гонкуров; Манетт Саломон (Manette Salomon, 1867) посвящена художникам и натурщицам, которых они лично знали, а в Мад ам Жервезэ (Madame Gervaisais, 1869) повествуется об обращении, религиозном помешательстве и смерти их тетки.
Когда Жюль скончался, Эмиль на несколько лет отошел от литературы, но затем вернулся к роману, издав книгу о проститутке Девка Элиза (La Fille Elisa, 1875). За ней последовали Братья Зем ганно (Les Frres Zemganno, 1879), история двух цирковых акробатов, в которых легко узнаются сами Гонкуры, и Актриса Фостен (La Faustin, 1882), основанная на обстоятельствах жизни актрисы Рашель (1821–1858).
В конце жизни Эдмон занимался творчеством японских художников, опубликовав книги Утамаро