Во время Второй мировой войны Теодоракис участвовал в Движения Сопротивления. Был схвачен фашистами и подвергался пыткам.
Во время гражданской войны в Греции (1946—1949) композитор был отправлен в ссылку на остров Икария, а затем помещен в концлагерь на острове Макронисос, где также подвергался пыткам и избиению Филоктитиса Икономидиса. Затем с 1954 по 1959 г. в Парижской консерватории учился музыкальному анализу у Оливье Мессиана и дирижированию у Эжена Виго. Живя во Франции, много сочинял. К этому периоду относятся камерные прелюдии и сонатины, симфонические произведения и три балета.
В 1959 г. композитор вернулся в Грецию. Организовал оркестр в Афинах и Музыкальное общество в Пирее. Занимался также политической деятельностью, в частности был депутатом парламента от Единой демократической партии (1964—1967). В апреле 1967 г. вскоре после путча, устроенного «черными полковниками», Теодоракис ушел в подполье. Полковники запретили его музыку, а вскоре композитор попал в тюрьму, где провел пять месяцев. В 1968 г. его освободили под давлением мирового общественного мнения и отправили в ссылку, но уже в 1969 г. поместили в концлагерь Оропос (под Афинами). За него снова заступились всемирно известные деятели культуры, в частности, Д. Шостакович, Л. Бернстайн, А. Миллер, Г. Белафонте. Это возымело действие, и в апреле 1970 г. композитор был освобожден. С 1970 г. он жил и работал во Франции. В изгнании он продолжал борьбу, устравивая концерты в пользу борцов с хунтой. После падения хунты в июле 1974 Теодоракис снова вернулся в Грецию.
В 1980-х и 1990-х он несколько раз избирался в парламент, был министром в правительстве К. Митсотакиса. В настоящее время живет на пенсии.