В 1911-м Франциско был вынужден перебраться в столицу. С деньгами у композитора особых проблем не было – довольно неплохой доход приносило написание куплетов для модных салонов; увы, успех на уровне крупных театров и солидная репутация от него упорно ускользали. Алонсо пытался писать относительно серьезные произведения – вроде 'Armas al hombro'; увы, несмотря на довольно неплохой прием, они почти мгновенно исчезали с театральных подмостков. По-настоящему успешную вещь Франциско сумел написать лишь в 1916-м – 'Música, luz y alegría' прошла в Teatro Novedades и наконец-то заставила любителей музыки переосмыслить уже сложившийся у них образ Алонсо. В 1919-м композитор создал 'La banderita', известную и по сей день своим фирменным пасодоблем; этим произведением Алонсо в очередной раз показал свое умение уверенно создавать действительно сложные музыкальные композиции. В 1924-м Франциско окончательно закрепил свой успех, сначала выпустив на сцену Teatro Cómico 'La linda tapada', а затем – создав для Teatro Apolo не менее впечатляющий 'La bejarana'. Оба этих произведения с большим успехом прошли по Латинской Америке – а некоторые мелодии пользовались успехом и в Париже (Paris); до самого конца карьеры Алонсо они пользовались невероятным успехом. Композитор, в свою очередь, получил возможность заниматься действительно интересными ему вещами и не думать о хлебе насущном; с этого момента Алонсо начал писать крупные, полноразмерные сарсуэлы. Среди самых удачных его произведений того времени следует упомянуть трехактную 'La Calesera' 1925-го, известную в первую очередь благодаря своему стильному сюжету, 'La Parranda' 1928-го, 'La Picarona' 1930-го. В 1928-м Франциско также написал – в соавторстве с Рафаэлем Мильяном (Rafael Millán) – ничуть не менее удачную 'La morería'.
После гражданской войны начался упадок сарсуэлы; закатилась и счастливая звезда Алонсо. Даже его уникальный талант имитатора – а Франциско всегда умел мастерски имитировать модные стили и тенденции – не помог ему вернуть былую славу. Успеха не добились ни 'Rosa la Pantalonera' 1939-го, ни 'La zapaterita' 1941-го. В конечном итоге Алонсо был вынужден ограничиться одними лишь эстрадными обзорами; даже относительно удачная 'Manuelita Rosas' 1941-го не исправила ситуацию в целом.
Скончался композитор 18-го мая 1948-го, через девять дней после своего 61-го дня рождения.