Закончил Школу Бристольского театра Олд Вик. После чего три года гастролировал вместе с Королевской шекспировской труппой. Был Совладельцем кинофирмы Natural Nylon наравне с Джуд Лоу, Эваном Макгрегором и Джонни Миллером.
Шон играет в театре, кино и телевидении больше 20 лет, а его талантливый голос часто можно услышать в разного рода рекламах и документальных фильмах. Также принимал участие в озвучке компьютерных игр: «Medieval: Total War», «Killzone», «Fire Warrior» . В 2005 году журнал "Campaign" признал его «лучшим рекламным голосом», включив в «горячую дюжину» наиболее популярных и востребованных актеров-озвучателей.
Женат на гримерше Джэки Хамилтон-Смит дочери Антони Хамилтон-Смит – британского Лорда, врача и политика. Имеет сына Альфреда.
Шон Пертуи является режиссером фильма «Just Another Day in London». В 2010 году, когда из сериала «Доктор Кто» ушел очередной исполнитель главной роли - Дэвид Теннант, Пертуи, поклонник этого сериала и сын одного из самых почитаемых британцами воплощений Доктора Кто, считался одним из кандидатов на роль, которую в итоге получил Мэтт Смит.
В том же 2010 году Шон снялся в предвыборном рекламном ролике Лейбористской партии. Пертуи много снимается по сей день, отдавая предпочтение таким жанрам как триллер и фантастика: "... Я часто играю жестких типов, бандитов, но сам я совершенно не такой".