Карьера
В Чикаго Фавро дебютировал вместе с Шоном Эстином в фильме «Руди» (Rudy) (1993). На съемках Джонатан повстречал Винса Вона, который тоже играл в фильме. На следующий год он снялся в малобюджетном фильме PCU с Джереми Пивеном (Jeremy Piven), и засветился в телесериале Seinfeld (эпизод "The Fire") в роли Эрика Клоуна. После этого он переехал в Лос-Анджелес, где в 1996 стал автором сценария для фильма «Свингеры» Swingers, в котором он сам же и снялся. В 1997 он появился в одном из эпизодов сериала «Друзья», где сыграл Пита Беккера.
В 1998 он сыграл в фильме «Очень дикие штучки» (Very Bad Things), в 2000 появился в фильме «Любовь и секс» (Love & Sex) вместе с Фамке Янссен. В фантастическом фильме «Сорвиголова» (Daredevil) он сыграл адвоката Фогги Нельсона.
В 2000, Джонатан сыграл сам себя в одном из эпизодов сериала «Семья Сопрано» (Sopranos), воплотив на экране образ голливудского режиссера, проявляющего интерес к экранизации отвратительного сценария Кристофера Молтисанти, для того, чтобы собрать материал для собственного сценария. Осенью 2003, он впервые добился финансового успеха как режиссер со своей новой комедией «Эльф» (Elf), в которой снялся Уилл Феррелл. В том же году Фавро сыграл небольшую роль в фильме «Любовь по правилам и без» (Something's Gotta Give) с Дайан Китон и Джеком Николсоном. Также Фавро является режиссером недавно вышедшего фильма «Затура» (Zathura) (2005).
28 апреля 2006 года стало известно, что Фавро стал режиссером долгожданного фильма «Железный человек» (Iron Man). Также известно, что он будет режиссировать новый проект «Джон Картер с Марса», экранизацию известнейшей серии романов Эдгара Берроуза.
Личная жизнь
В 2000 Фавро женился на Джойе Тиллем. У них трое детей, Макс, Мадлен и Брайтон Роуз.