В 1986 году он впервые выступает в качестве режиссера фильма. Комедийная мелодрама «Милашка в розовом», снятая по сценарию Джона Хьюза, рассказала о романтической и непростой любви девушки из бедного квартала и парня из хорошей семьи. Картина оказалась очень удачным режиссерским дебютом Дойча. Уже на следующий год, в 1987-ом, окрыленный успехом первого фильма, Ховард Дойч, снова на пару с Хьюзом, снимает «Чудеса своего рода». Похожая по жанру на первую, картина снова рассказывает о любовных перипетиях молодых людей, а подростковая и юношеская аудитория уже ждет от режиссера новых фильмов. Третьей картиной удачного творческого дуэта Хьюз-Дойч становится нашумевшая комедия «Большие каникулы», вышедшая в 1988 году. В центре сюжета – семья, мечтающая о спокойном отдыхе в уединенном местечке. Однако, взрослые сыновья, компанией которых стала парочка девчонок, заставляют забыть о тихом отдыхе…
Кроме полноэкранного кино, Дойч работает и для телевидения, став одним из режиссеров популярнейшего телесериала «Байки из склепа». Он также поработал в качестве режиссера и еще в двух телепроектах – сериалах «Мелроуз Плэйс» и «Каролина в городе».
В 1992 году выходит комедия «Статья 99», в 94-ом – веселая семейная комедия с юной звездой Маколеем Калкиным «Как справиться с отцом», в которой мальчик берется за нелегкую задачу перевоспитать собственного непутевого папашу.
Комедийная мелодрама «Старые ворчуны разбушевались» появляется на экранах в 1995 году и рассказывает об одной очень жизнерадостной особе, умудрившейся встряхнуть сонный маленький городок, и старинных приятелях-соседях, объявивших дамочке войну.
В 2000-ом Дойч снимает спортивную комедию «Дублеры» с Киану Ривсом в главной роли; в 2004 году выходит «Девять ярдов 2». Брюс Уиллис и Мэттью Перри делают фильм хитом.
Последней режиссерской работой Ховарда Дойча является молодежная комедия 2008 года «Девушка моего лучшего друга», в центре сюжета – вновь молодые люди, а любовные ситуации поданы с изрядным количеством веселых шуток и острого юмора.
Ховард Дойч женат на актрисе Лиа Томпсон, у пары двое детей.