Кауффман прославился благодаря связям с Институтом Санта-Фе (Santa Fe Institute), некоммерческим научно-исследовательским институтом, деятельность которого направлена на изучение сложных систем. Кауффман работал там с 1986 по 1997 год, применяя модели в различных областях биологии - сюда входят автокаталитические наборы в исследованиях происхождении жизни, генетические регуляторные сети в биологии развития, а также адаптивные ландшафты в эволюционной биологии. Кауффман владеет рядом патентов в области биотехнологии в комбинаторной химии и прикладной молекулярной эволюции.
В 1996 году Стюарт Кауффман ос овал 'BiosGroup', расположенную в Санта-Фе, штат Нью-Мексико (Santa Fe, New Mexico) - компанию, которая занимается теми же проблемами сложных систем, что и Институт Санта-Фе, только в коммерческой сфере; 'BiosGroup' использует свои наработки для решения проблем в области бизнеса. В начале 2003 года 'BiosGroup' была приобретена компанией 'NuTech Solutions', которая, в свою очередь, стала в 2008-м частью группы компаний 'Netezza' из Массачусетса (Massachusetts).
С 2004 по 2009 год Кауффман работал в Университете Калгари (University of Calgary), совмещая профессорские позиции в области биологических наук, физики и астрономии. Он также занимает должность адъюнкт-профессора на кафедре философии в Университете Калгари, заведует кафедрой в iCO RE (Informatics Research Circle of Excellence) и возглавляет институт Institute for Biocomplexity and Informatics.
В январе 2009-го Кауффман стал заслуженным профессором в Технологическом Университете Тампере, Финляндия (Tampere University of Technology, Finland), на кафедре обработки сигналов. Контракт истекает в конце 2012 года. Предметом исследовательского проекта кафедры является развитие стохастических моделей с запаздыванием из генетических регуляторных сетей на основе генной экспрессии данных на уровне отдельных молекул. В январе 2010-го Кауффман стал членом преподавательского состава Вермонтского Университета (University of Vermont), где он продолжит свою работу в Центре сложных систем университета (UVM's Complex Systems Center)