Когда в июле 1966 Иронси и ряд офицеров были убиты во время этнического конфликта, Говон был назначен главнокомандующим вооруженными силами Нигерии. Ему не удалось разрешить конфликт между федеральным правительством и племенем ибо из Восточной области, и через год тысячи живущих в Северной области ибо стали жертвами резни. Поставленный перед угрозой отделения восточных районов, Говон упразднил административно-территориальное деление Нигерии на четыре области и разделил страну на 12 штатов, обеспечив лояльность этнических меньшинств на востоке. К сожалению, эти шаги не смогли предотвратить начавшуюся в 1967 жестокую междоусобную 30-месячную войну с восточными сепаратистами. В 1970 Говон проявил великодушие по отношению к побежденной Биафре. Однако ему не удалось добиться ни быстрого восстановления гражданского правления, ни создания эффективной системы управления Нигерией, что и привело к его свержению в результате бескровного переворота в июле 1975.
Говон бежал в Великобританию, оставил политику в 1979 и поступил в Уорвикский университет, где впоследствии защитил докторскую диссертацию. Впоследствии вернулся в Нигерию, занялся бизнесом и стал председателем правления Нигерийской нефтяной компании.