После окончания университета Купер выступала за женскую баскетбольную сборную США. В 1987 года сборная выиграла баскетбольный турнир на Панамериканских играх, проходивших в Индианапо лисе, а в 1988 году выиграла золотые медали Олимпийских игр в Сеуле. В 1990 году Купер в составе американской сборной стала чемпионкой мира, а на Олимпийских играх 1992 года завоевала бронзовую медаль.
Когда в 1997 году была образована женская НБА, Синтии Купер было уже 34 года, но возраст не помешал ей стать одной из первых звёзд новой главной женской лиги США. В 1997 и 1998 годах её признавали самым ценным игроком регулярного сезона. Она выступала за клуб «Хьюстон Кометс», который четыре года подряд, с 1997 по 2000 годы, выигрывал чемпионат ВНБА, а Купер четыре года подряд признавали самым ценным игроком финальной серии.
В 2000 году Купер объявила о завершении карьеры игрока и перешла на тренерскую работу, возглавив в качестве главного тренера другой клуб женской НБА, «Финикс Меркури», с которым проработала полтора сезона. Под её руководством команда выступала неудачно, в обоих сезонах не попав в плей-офф. В 2003 году Купер вернулась в «Хьюстон Кометс» как игрок, но сыграв за команду лишь в четырёх матчах, окончательно завершила карьеру игрока. После этого она работала телевизионным аналитиком и комментатором на матчах «Кометс».
В 2005 году Купер была назначена главным тренером женской баскетбольной ко манды Сельскохозяйственного и политехнического университета Прери-Вью в штате Техас. Во втором сезоне под её руководством университетская команда выиграла турнир Юго-Западной Атлантической конференции и впервые в своей истории попала в финальный турнир NCAA.
В 2009 году Купер была принята в Зал славы женского баскетбола. Также в 2010 году она стала членом баскетбольного Зала славы имени Нейсмита, формальная церемония принятия в Зал славы состоится 13 августа.
Личная жизнь
Синтия Купер вышла замуж за Брайана Дайка в 2000 году. 15 июня 2002 года она родила близнецов, сына Брайана-младшего и дочь Сайен