Играть в кино Джеффри начал почти случайно. Как-то раз он помогал другу переехать из Сиэтла в Лос-Анджелес, где решил остаться на выходные, но так больше и не уезжал оттуда. Сам Морган говорит, что просто влюбился в актерство. «Я возомнил, что у меня есть чуть-чуть таланта и решил его развивать. Это как вирус - стоит только один раз заболеть...»
В 1996 году Джеффри Дин Морган снимается в постоянном составе сериала «Горящая зона». Но после нескольких серий шоу перешло на новый канал, который захотел видеть в главной роли другого актера. «Мой герой потерял свою душу, а «Горящая зона» - интересность». После 10 серий Джеффри Дин Морган уходит из сериала и его карьера замирает.
В качестве эпизодических персонажей Джеффри появляется в сериалах «Скользящие», «Крутой Уокер», «Скорая помощь», «Практика», «Ангел», «Место преступления», «Правдивый разговор», «Монк» (в русском переводе «Дефективный детектив») и «О.С.» (в русских переводах «Однажды в Калифорнии» и «Одинокие сердца»).
Сегодня Джеффри Дин Морган снимается сразу в трех телешоу. На канале ABC в медицинской драме «Анатомия Грей» он играет Денни Дюке, пациента, который нуждается в пересадке сердца. В сериале «Сверхъестественное» канала CW играет Джона Винчестера, отца главных героев - охотников на нечисть. А возобновленном сериале он появится во флешбеках.
«Я думал, что уже староват для игры в кино, но, кажется, ошибся. Я больше всего на свете обожаю эту работу».
Свободное время Джеффри обожает проводить со своими друзьями, рисовать и писать. У него есть собака по кличке Бису (с французского «поцелуй»).
Известно, что в молодости Морган был женат (по данным журнала «Playgirl» за 1997 год), но об этом браке практически ничего не известно. С декабря 2006 году в средствах массовой информации обсуждаются роман и размолвки Джеффри Дина Моргана и актрисы Мэри-Луиз Паркер.