В детстве занимался дзюдо, хоккеем, играл за юношескую сборную Мончегорска, а стать почему-то мечтал машинистом поезда.
Учился Михаил в школе с легкоатлетическим уклоном, однако примерным поведением не блистал и его даже исключили из пионеров за то, что вместе с друзьями возил свой портфель на однокласснике.
Театром начал увлекаться рано, участвовал в кружках Дома пионеров, играл в театре юношеского творчества.
После окончания школы попал во вспомогательный состав Александрийского театра (в спектакле "Вожди" бегал из одной кулисы в другую со знаменем), учился в театральной студии Игоря Горбачева при этом же театре, а затем поступил в Ленинградский Государственный институт театра, музыки и кинематографии на отделение Вениамина Михайловича Фильштинского. Закончил институт в 1996 году.
В период в 1995 по 1996 работал в театре "Перекресток" В.М. Фильштинского, был занят в спектаклях "Дорога" Феллини в роли Клоуна и "В ожидании Годо" С.Беккета в роли Владимира, получил две "Золотые маски" на одноименном театральном фестивале, а после этого был принят в театр им. Ленсовета, где и проработал до 2000 года.
В 1999 году Михаил получил предложение театра "На Литейном" на роль Астона в спектакле Гарольда Пинтера "Сторож" и с 2000 года числится в труппе этого театра.
В сентябре 2003 года в театре состоялась премьера спектакля "Дуэль" А.П. Чехова, где Михаил сыграл роль Лаевского.
К 60-летию Победы в Петербурге, в театре "Приют комедианта" должна была состояться премьера спектакля "Выше небес" в постановке Олега Куликова. Но незадолго до премьеры отказался от участия в спектакле. По слухам - из-за приглашения на роль Гамлета в МХТ им. Чехова.
Одну из первых ролей в кино Михаил Трухин сыграл в картине Владимира Бортко "Афганский излом", но эпизод с его участием остался лишь в итальянском варианте фильма. Внимание к себе актер привлек после роли в фильме Дмитрия Месхиева "Циники", а известность Трухину принесла роль оперативника Волкова в сериале "Менты". На роль лейтенанта Волкова актера выбрали по картотеке Ленфильма. Сериал "Улицы разбитых фонарей" получил премию "ТЭФИ", премию министра внутренних дел России, фестиваля "Закон и правопорядок" и премию российской ассоциации юристов и адвокатов. В этом сериале поучаствовали почти все члены семьи Михаила. Маленький Егор снялся в эпизоде (ему было год и два месяца).
Люба, первая жена Михаила, снялась два раза в эпизодических ролях. А в последнем сезоне написала музыку к пяти сериям «Фонарей».
Со своей первой женой Михаил познакомился на последнем курсе института, на ступенях мраморной лестницы ЛГИТМиКа. Люба тогда была студенткой актерского факультета. Знакомство состоялось в символический день – 23 февраля. Своего первенца Михаил и Люба назвали Егором. Потом родилась Даша. А через какое-то время супруги расстались.
С Аней, Михаил познакомился в Питерском клубе «Пурга». Между знакомством и браком прошло два с половиной года. Праздничное событие отметили в ресторане после вручения премии «Чайка».