Джон родился в семье американца и турчанки, его детство прошло в Стамбуле.
Окончил частную школу-интернат Leysin American School в Лезене (Швейцария), в 1999 году — частный Йельский университет в Нью-Хейвене (Коннектикут) со степенью бакалавра искусств в области архитектуры, в 2003 году — аспирантуру в Гарвардской высшей школе дизайна частного Гарвардского университета в Кембридже (Массачусетс) со степенью магистра в области архитектуры.
Учась в университетах, Джон участвовал в хоровом пении — пел а капелла: был членом студенческой капеллы Общества Орфея и Вакха и Йельского хорового клуба в Йельском университете и членом хора Harvard–Radcliffe Collegium Musicum в Гарвардском университете.
Изображения Джона неоднократно использовались для оформления обложек любовных романов.
Учась в аспирантуре в Гарвардском университете Джон Гиддинг совершил каминг-аут, публично сообщив о своей гомосексуальной ориентации.