Творческую карьеру начал в Италии, где работал фотомоделью. В этот период времени Стокуэлл общался со многими персонами мира искусств — с такими, например, как культовый художник Энди Уорхолл, который впоследствии стал близким другом Стокуэлла и часто упоминал о нём в своих мемуарах — «Дневники Уорхолла».
Впервые на экране Джон Стокуэлл появился в начале восьмидесятых — в комедии «Так здорово», премьера которой состоялась 25 сентября 1981 года.
Широкую известность Джон получил в 1983 году, когда снялся в фильме «Теряя это» вместе с Томом Крузом и рядом других известных актёров, а также — в том же году — в картине «Кристина», снятой по роману Стивена Кинга.
Через два года Джон Стокуэлл сыграл в комедии «Мой научный проект», в 1986 году — в боевике «Лучший стрелок». Среди других работ — роли в фильмах «Границы города» (1985 год), «Радиоактивные грёзы» (1985 год), «Никсон» (1995 год).
В начале нового тысячелетия Стокуэлл выступил в качестве директора нескольких фильмов, продемонстрировав способности талантливого руководителя. Под его руководством были созданы такие картины, как: «Обманщики» (2000), «Безумная и красивая» (2001), «Голубая волна» (2002), «Добро пожаловать в рай» (2005), «Туристас» (2006), «Сердце» (2009).
Джон – обладатель нескольких престижных номинаций, включая телевизионную премию «Эмми» в 2000 году за участие в фильме «Обманщики». В настоящее время Джон Стокуэлл продолжает активную творческую деятельность.