Том Фонтана родился в итало-американской семье, он был четвёртым из пяти детей. Его двоюродная сестра — актриса и певица Патти Люпон. Начал писать пьесы в возрасте девяти лет. По одной из пьес Фонтаны был поставлен спектакль в колледже, где он учился. По окончании колледжа в 1973 году переехал в Нью-Йорк.
В начале 1980-х пришёл на телевидение. Первой его работой как сценариста стал сериал «Сент-Элсвер». Работал над сериалами «Тюрьма Оз», «Убойный отдел» и многими другими, за что был неоднократно награждён престижными премиями. Фонтана писал статьи для таких изданий, как "The New York Times" и "Esquire". Его пьесы ставились в театрах Нью-Йорка, Сан-Франциско и Буффало. Он является членом Гильдии драматургов и Гильдии продюсеров Америки.
Фонтана дружит с создателем сериала «Закон и порядок» Диком Вульфом. В честь него назван один из персонажей «Закона и порядка» — детектив Джо Фонтана, которого играет Дэннис Фарина.
Дневники Бедфорда
In Good Conscience: Sister Jeannine Gramick's Journey of Faith
45-я церемония вручения прайм-тайм премии «Эмми»
38-я церемония вручения премии «Эмми»
36-я церемония вручения премии «Эмми»