Бернар Вербер родился в еврейской семье. В 5 лет Бернар проявил особый интерес к рисованию. Его увлечение было замечено преподавателем, который даже предоставил ребёнку особые условия обучения — Бернар мог свободно заниматься рисованием в то время, как остальные учились.
В семилетнем возрасте Бернар написал своё первое произведение — рассказ на свободную тему «Приключения блохи». В нём от лица самой блохи рассказывалось о её путешествии по дебрям человеческого тела. В это же время будущий писатель не показывает особых успехов в школе, кроме уроков французской словесности. Особенно сложно ему заучивать цифры, формулы и тексты наизусть.
Проблема с запоминанием будет преследовать писателя и дальше, что впоследствии приведет к созданию оригинального произведения — «Энциклопедии абсолютного и относительного знания», в которой научные сведения смешиваются с вымыслом, физика с метафизикой, математика с мистикой.
В восемь лет Бернар пишет свой второй рассказ «Волшебный замок». Тайна одного замка, который пожирает посетителей. Юный писатель открывает для себя новый жанр и самостоятельно учится создавать захватывающий сюжет. Параллельно, по настоянию матери, учится играть на пианино, впоследствии это не любимое им занятие выльется в увлечение электрогитарой. Бернар продолжает писать, открывая для себя новые грани.
Школьная учёба в свободном падении. Вне школы изучает то, что его действительно интересует: электроника, авиамодели из бальзы, цивилизация индейцев майя и обитатели острова Пасхи. Страстно увлекается астрономией и, в особенности, систематическим изучением солнечных пятен в Астрономическом центре Тулузы. Много читает, особенно занимал его «Таинственный остров» Жюля Верна, который представлялся несравненным шедевром.
В лицейские годы присоединился к редакции лицейской газеты «Эйфория», писал сценарии для комиксов. Благодаря этому обнаружил для себя новые литературные «жанры»: американскую научную фантастику 1960-х годов и фантастику-барокко прошлого века. Открыл для себя Лавкрафта (цикл Ктулху), Азимова (цикл Основание), Ван Вогта (цикл мира А), Хаксли (Лучший из миров), потом Бориса Виана.
В 1991 году публикуется его первый роман «Муравьи». Вопреки ожиданиям автора, книга не привлекла к себе особенного внимания. Критики не оценили задумок Вербера. В 1992 году неожиданно выходит в свет продолжение «Муравьёв», роман «День муравья». Вербер продолжает пытаться достучаться до критиков, излагая свои идеи устами и поступками муравьёв. Критики остаются непоколебимыми, в то время как романы Вербера привлекают к себе все больше интереса читателей. «День муравьёв» получил приз читательниц Elle.
В то же время Вербер начинает писать короткие новеллы (навеянные творчеством Фредерика Брауна). Сборник этих новелл был опубликован в 2002 году под названием «Древо возможного».
Бернар Вербер — убеждённый холостяк. Любимые женские образы в искусстве, литературе, жизни — Кейт Буш, Джоди Фостер, Мэрилин Монро. Единственной обитательницей его квартиры является кошка, которая пришла на смену муравейнику.