В 1997 году окончил Пермский институт искусства и культуры по специальности «театральная режиссура», затем работал актёром в лысьвенском и астраханском театрах.
В 2000 году Андрей Силкин поступил во ВГИК, окончил в Москве высшие курсы сценаристов и режиссёров по специальности «режиссёр игрового кино». Азы кино и мастерство режиссуры Андрей Силкин познал работая вторым режиссёром на картинах Станислава Говорухина "Благословите женщину" и на картинах "Охота на пиранью","Последний забой", "Реальный папа", "Кандагар" - продюсер Валерий Тодоровский.
Андрей Силкин о сериале «Маргоша»
Сериал «Маргоша 2» снимает новый режиссер Андрей Силкин. Как говорят в народе: «Новая метла, по-новому метет». Но Андрей Силкин от заданного Сергеем Арлановым стиля и ритма отходить не собирается. Хотя, как признался сам режиссер, в «Маргоше 2» он намерен по большей части отталкиваться от игры актеров, а не слепо копировать сценарий. Совместно продумывают каждую сценку и для актеров не исключена импровизация. Планируется снять с учетом первого сезона сто пятьдесят серий, но точка в истории Маргоши в последней серии поставлена не будет.