В 1934-м Джексону дали должность в федеральном офисе президента Франклина Делано Рузвельта. Сначала он работал советником в министерстве финансов; в 1936-м Роберт стал помощником генерального прокурора отделения налогов в департаменте юстиции; в 1937-м он перешел на должность помощника генерального прокурора антитрестовского отдела. В 1938-м Джексон стал заместителем министра юстиции, в каковом состоянии и пребывал до января 1940-го. Как видно, карьера Роберта продвигалась достаточно активно; президент Рузвельт даже рассматривал его в качестве возможного своего преемника – как и Рузвельт, Джексон был демократом и происходил из голландско-американской семьи.
В 1945-м президент Трумэн назначил Джексона, в это время не работавшего в Верховном Суде, на пост одного из обвинителей в Нюрнбергском процессе. Именно благодаря Джексону была сформирована законная база для процесса; на самом процессе Роберт выступал в качестве главного обвинителя от США. Выступал от лица обвинения Джексон с большим пылом (так, Германа Геринга он назвал 'наполовину милитаристом, наполовину гангстером'). Его вступительная и заключительная речи перед судом по сей день по праву считаются одними из лучших выступлений в судах XX века; следует особо отметить, что в своей речи Роберт обвинял нацистов в преступлениях, совершенных по воле текущего режима, а не немецкого народа в целом.
Скончался Джексон в Вашингто е, округ Колумбия, в шестьдесят два года. Мемориальная служба прошла сначала в Национальном Соборе Вашингтона, а затем – в церкви Святого Луки в Джеймстауне. Похоронили Роберта в Фрюсбурге, Нью-Йорк, неподалеку от дома, где будущий генеральный прокурор провел большую часть своего детства.
В 2000-м году на канале TNT был продемонстрирован фильм 'Нюрнберг' ('Nuremberg'), снятый по произведению Джозефа Персико 'Nuremberg: Infamy on Trial'; роль Роберта Джексона в нем исполнил Алек Болдуин. В фильме было показано, что на тот момент у обвинителя был роман с секретаршей; по рассказам старого телохранителя Джексона, эта романтическая линия была придумана целиком и полностью для фильма и к реальным фактам никакого отношения не имеет.
В отделе рукописей в библиотеке Конгресса на данный момент хранится обширная коллекция личных и рабочих документов Джексона; они находятся в свободном доступе и могут быть предоставлены для изучения любому желающему. Ряд меньших по размеру коллекций находится в других хранилищах США
Нюрнберг: Нацисты перед лицом своих преступлений
Хроника Нюрнбергского процесса
Rape: A Crime of War
Кровь и железо: История немецкой военной машины
Последние дни Второй Мировой войны
The Clouded Dawn