В 24 июня 1955 году родился в Челябинске. Окончил Институт кинематографии ВГИК, по специальности режиссёр документального кино и ТВ-фильмов, мастерская профессора Кочеткова А. С. С 1984 по 1993 работал на Свердловской киностудии в городе Екатеринбурге. С 1993 года по 1999 год работал на Студии «ТРИТЭ» Никиты Михалкова, а в 1999 году учредил (вместе с Н.Михалковым, Ю.Ермолиным, В.Сачковым, А.Балашовым идругими) студию «Остров», где по настоящее время является Художественным руководителем.
В 1998 г. набирает свою первую мастерскую режиссуры документального кино во ВГИКе. В 2013 году выпускает третью мастерскую.
Сергей Мирошниченко - Член Совета при президенте по культуре и искусству РФ, Секретарь Союза Кинематографистов России по документальному кино, Профессор Всероссийского Государственного Института Кинематографии, Академик Национальной Академии Кинематографических искусств и наук России, Член Академии Российского Телевидения «ТЭФИ», Академик Российской академии кинематографических искусств «Ника».
Проект «Рождённые в СССР»
В 1989 году телекомпанией «Останкино» совместно с британской телекомпанией Granada Television был запущен проект «7 лет спустя — советская версия». Проект был задуман классиком английской документалистики Майклом Аптедом, сутью которого являлось наблюдение за развитием детей через равные промежутки времени. В данном случае от СССР к работе был подключён Сергей Мирошниченко, который отобрал 20 семилетних детей из разных уголков СССР разного социального статуса. Через каждые 7 лет Мирошниченко снимает новый фильм с уже повзрослевшими героями, прослеживая, таким образом, их взросление и изменения в среде их существования.