Тоби Джонса часто приглашают на роли второго плана в кино, а в последнее время он с успехом играет в популярных театрах. В 2001 он участвовал в постановке в лондонской «Стране театров» в Уэст-Энде комедии The Play What I Wrote, под руководством Кеннета Брэна (Kenneth Branagh). Его исполнение роли Артура в комическом ключе принесла Джонсу приз Olivier Award как лучшему актеру поддержки, и когда пьеса была поставлена в 2003 г. в «бродвейском театре», он был номинирован на Tony Award.
Джонс появляется более чем в двадцати фильмах, начиная с первой роли в 1992 г. в «Орландо» (Orlando). Он озвучил Добби — домашнего эльфа в фильмах о Гарри Поттере и исполнил в 2005 г. роль Обломова в радиоверсии романа на Би-би-си 4. Он играет сэра Роберт Сесила, первого графа Солсбери, одного из членов Совета королевы Елизаветы I Английской в совместной телевизионной постановке HBO и Channel 4 «Елизавета I».
Человек, который познал бесконечность
Страшные сказки
Первый мститель: Другая война
Голодные игры: И вспыхнет пламя
Приключения Тинтина: Тайна единорога
Гарри Поттер и Дары Смерти: Часть I
Одноклассницы и тайна пиратского золота
Гарри Поттер и Тайная комната
Алиса в Зазеркалье
Голодные игры: Сойка-пересмешница. Часть II
65-я церемония вручения прайм-тайм премии «Эмми»
70-я церемония вручения премии «Золотой глобус»
Рембрандт: Я обвиняю